由于新生儿感染可能引起非常严重的后果，因此预防新生儿感染至关重要。而其中，医院担负着最重要的责任。

医务人员进入新生儿室必须穿洁净的工作服，戴口罩、换专用鞋；严格洗手，医务人员每接触一个新生儿前都要用皂液流动水认真洗手，探视人员也应如此；要保证室内环境无污染源、卫生死角；保洁工具要专用，并固定专门的水池或桶清洗；新生儿使用的各类医疗器械都要采用压力蒸汽灭菌。

从普通人的角度来说，想要避免新生儿感染，首先要避免早产儿的出生。此外，孩子出生后，最好母乳喂养，这也是预防感染的重要环节，因为母乳可以增强婴儿的胃肠道功能，提高其机体抵抗力。如果用奶瓶喂奶，一定要水煮消毒，用完后也尽量不要暴露在空气中，可以放在固定的器皿中。