服用益生菌后，在身体内是一个渐变的过程。通过跟踪检测益生菌服用者体内肠道菌群的变化，临床试验研究表明，如果按疗程（一个疗程12周）服用定量的益生菌，则这些益生菌在人体肠道内有这样的生长变化过程：
01.竞争期1-4周：在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，一直益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素（bacteriocin）和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。
02.优势期4-8周：由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌的数量已经低于有益菌，有害菌释放毒素和其它代谢物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生产起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以，这个时候人体会开始感受到病症的改善。
03.巩固期8-12周：继续坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐受酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
那些有害菌还会产生孢子（休眠的细菌细胞，但有极厚的特殊细胞壁保护，抗各种恶略环境能力极强）或生物膜（细菌团体分泌的胞外多糖聚合物保护膜，对细菌有极强的保护作用），在处于生长劣势时这些有害菌会以孢子及被生物膜保护的休眠状态下继续存活。这样的有害菌即使连抗生素也无能为力，研究显示，只有益生菌这样的生物武器才是目前对付这种有害菌的唯一办法。所以服用益生菌一定要坚持到12周，使益生菌和体内其它有益菌的优势最大化。
04.稳定器12周以上：当益生菌和有益菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌（有害菌很难被完全杀死，多数处于休眠状态）卷土重来，以丹麦为主的健康专家建议在服用12周的益生菌之后，可以将益生菌的摄入量减到一半（其实不减半对身体不可能有坏处，只是要花更多的钱），用来巩固益生菌的效果，一直坚持到半年，然后可以停用。对大多数人来讲，停用后，这一最优化的效果可以维持一段时间，大约半年到一年。但由于生活、饮食习惯等各种原因，现代城市人的生活方式较容易使肠道菌群不能达到最佳状态，那么需要阶段性的补充益生菌。
内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主任张和平博士说：“从生物进化、生理学及其人体微生态的角度来看，人与益生菌菌种、菌群，环境与益生菌菌种、菌群都要适应；食物及饮食习惯也与要摄入的益生菌协调。比如筛选自欧洲人体肠道的益生菌菌株并不一定完全适合亚洲人群的肠道。”所以益生菌产品的选择应该以是否适合我们中国人自己体质和生活方式所需作为挑选的第一要素。
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